病院を運営する北播磨総合医療センター企業団は、三木市と小野市で構成する一部事務組合（特別地方公共団体）です。
市と同様に地方自治法の規定に基づく議会（企業団議会）が設置され、条例や予算等について審議を行います。
企業団議員の定数及び選任方法は企業団規約で定められており、定数は10名（三木市5名、小野市5名）で、選任方法はそれぞれの市議会議員の中から選任されることとなっています。
企業団議会の会議は、定例会が毎年2回（2月、8月）開催され、必要の都度に臨時会も開催されます。
| 職名 | 氏名 | 選出区分 | 選任日 |
|---|---|---|---|
| 議 長 | 河島 三奈 | 小野市議会 | 令和5年5月9日 |
| 議 員 | 内藤 博史 | 三木市議会 | 令和6年5月14日 |
| 河島 信行 | 小野市議会 | 令和6年5月10日 | |
| 堀 元子 | 三木市議会 | 令和6年5月14日 | |
| 村本 洋子 | 小野市議会 | 令和5年5月9日 | |
| 泉 雄太 | 三木市議会 | 令和6年5月14日 | |
| 山本 麻貴子 | 小野市議会 | 令和6年5月10日 | |
| 西垣 弘志 | 三木市議会 | 令和6年5月14日 | |
| 宮脇 健一 | 小野市議会 | 令和6年5月10日 | |
| 川端 敦子 | 三木市議会 | 令和5年5月16日 |
